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クラスタの特徴を知る - radarchart

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クラスタリングを行ったあと、各クラスタがどんな特徴を持っているのか知りたいときはレーダーチャートを書いたりする。 radarchart関数を使う radarchart(df)でとりあえずのレーダーチャートはかける。ここで与えるデータフレームは df The data frame to b…

非線形クラスタリング k-means

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k-meansの必要なところだけ。 k-meansとは 非階層的クラスタリング手法の1つ。 要するに何をしているのか k個のクラスターの初期位置を決める。 各データをk個のクラスターとの距離を求め、最も近い位置のクラスターに分類。 形成されたクラスターの中心を…

[tcl] grab failed: window not viewable.

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RのパッケージをCRANから落とす際、 --- このセッションで使うために、CRAN のミラーサイトを選んでください --- structure(.External(.C_dotTclObjv, objv), class = "tclObj") でエラー: [tcl] grab failed: window not viewable. こんなメッセージが出る…

reshape::melt を用いたデータ整形

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reshape2 ggplot2はRでプロットする際に頻繁に用いられる。 しかし、Excelのデータをcsvにしてそのまま読み込んでggplot2に渡したところで、データの形を勝手に判断してくれるわけがない。ggplotはわがままなので、データの整形という処理が必要だ。 いって…

ベン図の上限

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Rでベン図を描く。 VennDiagramというライブラリが使いやすくて視覚的にもわかりやすかった。 今回6つのデータセットをベン図にplotする必要があったので、6つのベン図ってなんだよと思いつつ、実行してみたら、普通にエラーが出た。VennDiagramの上限は5つ…

Grinnを使った統計解析

GrinnというRのパッケージを使って統合解析を行ったのでまとめておく。あくまでもメモスタイル。 Grinnとは バイオインフォマティクスのプラットフォーム。Neo4jというアプリケーションで使える内部グラフデータベース、オミクス研究向けのRパッケージを含む…