バイオインフォマティクスってかっこいい

完全wetな研究室でdryに興味が出てしまったB4 のBlogです。最近は仮想通貨、ブックメーカーとかにも興味がある悪い子です。

single-end read, paired-end readsのおはなし

きっかけ paired-endのサンプルのoverlapを取り除く方法を検討してたらいろいろ整理されてる記事に巡り合えたので和訳しつつ理解を深める single-end, paired-end fastqファイルには、シーケンシングのされ方で2種類ある。UCSCなんかからfastqをダウンロード…

bamファイルがpaired end かsingle end なのかを調べる

Rsamtools を使った判定法 > packageVersion("Rsamtools") [1] ‘1.20.5’ library(Rsamtools) # ファイルのPATHを指定 fl <- system.file("extdata", "ex1.bam", package="Rsamtools") > quickBamFlagSummary(fl) group | nb of | nb of | mean / max of | re…

Matplotlib subplot の仕方

グラフを並べて表示したいとき、 2つの方法がある。ほかにもあるかもだけど2つの方法を知っている。 matplotlib.pyplot.subplotsを使う fig, axes = plt.subplots(figsize=(10, 10), nrows=2, ncols=4, subplot_kw={'adjustable': 'box-forced'}) axes には …

Vagrantでのssh接続

ssh 接続にはパスワード認証方式と、公開鍵認証の二通りの接続方法がある。 公開鍵認証 vagrantでは、ゲストOSの初回起動時にホストOS側の鍵情報を自動で変更し、ゲストOSと暗号の再調整を行っている。 vagrant ssh は vagrant ssh-config で置換後に使う秘…

Selenium備忘録

今友達からbed365 というサイのスクレイピングを任されている。ブックメーカーで有名なサイトだ。ここのデータを集めて解析したいらしい。 スクレイピングでは基本ChromeDriverを使って行っているのだが、久しぶりに動かしたら、以下のようなエラーが度々表…

IPython データサイエンスクックブック memo (2)

2.4 Workflow using git branch git stash commitしていない変更の一時退避 git stash pop 変更を戻す 2.5 High reproductivce, interactive computing ファイルの命名規則、ディレクトリ構造を一貫性のあるものにする。 全てのソフトウェアスタックの正確な…

IPython データサイエンスクックブック memo (1)

1.1 Introduction %%writefile IPython magicコマンド。テキストファイルの作製。 インラインの数式は$...$ を使って記述。 独立した数式は $$...$$ を使って記述。 HTML() 、SVG() 、YouTubeVideo() nbviewerを使ってIPythonで生成したJSONテキストを公開可…

日常 Part2

修士をとるか、就職か 修士に行くか、就職してしまうか。 修士に行く場合、今の研究をあと二年続ける。 就職する場合、今のインターン先に就職する。二年もあれば、多分転職する。 理系なら誰しも少しは考えるだろう。本来院試前に考えることだ。 院試を受け…

日常 Part1

30分前に気づいた。今日はもう30分しかないということを。 毎日更新するんだ。今度こそ。 最近はOreillyの本をひたすら読み進めている。 いまは下記の2冊をソースコードとともに楽しんでいる。 Pythonによるデータ分析入門 ―NumPy、pandasを使ったデータ処理…

Twitterを始めた。

恥ずかしい。 なにが恥ずかしいかって、Twitterをいまさら始めたことじゃない。 これはアカウントを分けただけで、今Twitterを始めたわけじゃない。 過去の記事が恥ずかしい。 だいぶ消した。大幅に消した。 心機一転、 new kimoton で頑張ろう。年も明けた…

repr()、str()、eval() のお話

Biopython Tutorial and Cookbookの和訳を行ってる最中。 >>> from Bio import SeqIO >>> for seq_record in SeqIO.parse("ls_orchid.gbk", "genbank"): ... print(repr(seq_record.seq)) Seq('CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACCGTGG...CG…

ベン図の上限

R

Rでベン図を描く。 VennDiagramというライブラリが使いやすくて視覚的にもわかりやすかった。 今回6つのデータセットをベン図にplotする必要があったので、6つのベン図ってなんだよと思いつつ、実行してみたら、普通にエラーが出た。VennDiagramの上限は5つ…

nCr をpython で書くと。。

つまりn個からr個取り出す組み合わせというやつ。 これをPythonで書きたい。 そんなときは高階関数reduceを使う。 import operator as op def ncr(n,r): r = min(n-r,r) if r == 0: return 1 num_over = reduce(op.mul, xrange(n, n - r, -1)) num_under = r…

MkDocs 使ってみた。

昨日任された業務を紹介しよう。 Web上でパワポの内容をWebページで見れるようにして! というものだ。 こんなとき、MkDocsがとても便利。 MkDocsの公式に飛ぶ。 サイト自体がMkDocsで作られてる。 こんなページがMarkdownでお手軽に作れるのがMkDocs。 いち…

Webスクレイピングで、、

インターンの方でWebスクレイピングが必要になったので、お勉強。 shop.oreilly.com このHTML中の <tr class="gift" id="gift1"><td> <tr class="gift" id="gift2"><td> <tr class="gift" id="gift3"><td> <tr class="gift" id="gift4"><td> <tr class="gift" id="gift5"><td> をとってきたいんだけど、 from urllib.request import urlopen from bs4 import BeautifulSou…</td></tr></td></tr></td></tr></td></tr></td></tr>

O/Nの罠

4℃ O/N お久しぶりである。 O/Nという表現、なんだかわかるだろうか? OverNightの略である。 有機化学の実験プロトコルだとよくあるそうだが、自分の場合、一次抗体を抗原に反応させる際に登場した。 というか、今、登場してて、あれ、OverNightって、夜が…

Grinnを使った統計解析

GrinnというRのパッケージを使って統合解析を行ったのでまとめておく。あくまでもメモスタイル。 Grinnとは バイオインフォマティクスのプラットフォーム。Neo4jというアプリケーションで使える内部グラフデータベース、オミクス研究向けのRパッケージを含む…

ちょっと便利シリーズ

unicodedata モジュールが便利そう。 unicodedata.name(chr[, default]) 文字 chr に付いている名前を、文字列で返します。名前が定義されていない場合には default が返されますが、この引数が与えられていなければ ValueError を発生させます。 unicodedat…

サラダチキンクッキング

コンビニのサラダチキンって、おいしくないですか?先輩に糖質制限ダイエットしてる人がいて、昼ご飯よくサラダチキン食ってたんですけど、自分もこの前買ったらほんとおいしい。 いろいろ食べ比べたら、セブンのがやっぱ一番おいしい。 筋トレしてないし別…

優先事項

優先してやるべきことが、わからなくなる問題 やりたいこと、やらなきゃいけないことはたくさんあるし片っ端から手つけてるけど全部中途半端になってる気がする。一個一個が重すぎて、達成までが遠すぎて、緊急度優先で作業を進めてる。 とりあえずやりたい…

昨日の日記

今日は昨日だ。 だからまだセーフ。 昨日は、NGS解析の優秀すぎるページを見つけた。自分のインターン先がこのプロトコールを使って解析してたから使わせていただいたのがきっかけなんだけど。 http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html 東京大学 …

世界を変えるビジネスは、たった1人の「熱」から生まれる。

よっしゃおはよう世界 昨日は22時にはベッドに入って4時に起きたよ。早寝早起きはいいね。 気分良すぎて朝からラタトゥイユ作っちゃったよもう。 いやごめんなさい。これはフリー画像。こんなおいしそうに作れないよ。 得意料理はチャーハンとラタトゥイユで…

毎日更新の罠

反省文 はいどうも。 いきなり毎日更新約束を破ってしまいました。 いやちゃうんですよ。家にネットに繋げる環境がなくて。基本的に研究室で書いてるんですけど、金曜日はインターンだし、土曜はお休みだし日曜もお休みだし。 毎日更新無理やん。ってなった…

or のメモ

最近checkiOというものにハマっておりまして。 いや嘘だ、最近始めてハマりだしてまして。 様々な問題に対して海外の色んな人が書いたコードを見ることができるんですが、そこでちょっとした新しい発見をしたのでメモ。 問題は、典型的なFizzBuzzテスト。 つ…

ブログ、始めます。

自身2度目のブログ開設になります。最初のブログはもうブログ童貞丸出しの面白い感じだったのですが、ちょっと最近自分を顧みる機会として、ブログを新しく開設してみようという気になりました。 あと友達がはてなブログでブログ書いてて書きやすそうだった…