k-meansの必要なところだけ。 k-meansとは 非階層的クラスタリング手法の１つ。 要するに何をしているのか k個のクラスターの初期位置を決める。 各データをk個のクラスターとの距離を求め、最も近い位置のクラスターに分類。 形成されたクラスターの中心を…

RのパッケージをCRANから落とす際、 > install.packages(pkg) --- このセッションで使うために、CRAN のミラーサイトを選んでください --- structure(.External(.C_dotTclObjv, objv), class = "tclObj") でエラー: [tcl] grab failed: window not viewable.…

Rの標準ライブラリ(pngなど)がないと怒られた。 入れようとしたら、 install.packages("png") ・ ・ ・ ** testing if installed package can be loaded Error: package or namespace load failed for ‘png’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): 共…

出会い 次世代シーケンサーのアセンブル結果を示す指標として、N50というものがあることを、つい最近知った。まずい。 以下のように使われる。 PacBio（RSII）にBioNano社が開発したIrys（DNA上の特定の配列に蛍光標識をしてスキャナーで蛍光を読み取る）に…

__pycache__ というディレクトリがそろそろ気になってきた。 なんか気づいたらできてる。 なんなんだこれは。 以下で議論されていた。 python - What is __pycache__? - Stack Overflow 要点をまとめると。 ファイルをインポートした際にできる python compi…

Rのパッケージを入れる際、依存関係の問題でエラーが起きるせいでpipやinstall.packages()を用いてインストールできないことが多々ある。 CRANに登録されているRパッケージをインストールするには、以下のように明示的に示すと良い。 $ R > install.packages…

SeqPrep github.com SeqPrepはPandaSeqとは違うアルゴリズムのoverlapをマージするツール。 https://github.com/jstjohn/SeqPrep TechSupport@illumina.comからイルミナにアダプター配列のリストをもらえたりするらしい。 アダプター配列は自分でリード見て…